Tüp bebek tedavisi sonucunda elde edilen embryonun implante olmaması veya gebelik oluşturmamasının pekçok nedeni vardır. Bunlar aşağıdaki gibi sıralanabilir:

Embryonun daha transfer aşamasında veya sonra rahim içindeki sıvı olması veya rahim kasılmaları neticesinde dışarı atılması.
Rahim içindeki endometrium denilen tabakanın uygun olmaması. Endometrium kalınlığının 8 mm altında olduğunda gebelik şansının azaldığını biliyoruz. Bunun yanısıra endometrium histolojik ve biokimyasal yapısı açısından embryoyu kabul ettiği bir zaman aralığının olduğuna inanılmaktadır. Implantasyon penceresi veya aralığı olarak adlandırılan bu dönem hastada kaymış olabilir. Gene rahim içi yapışıklıklar, polipler ve skar dokuları gebelik şansının azalmasına neden olabilir.
Rahim içinde sıvı olması ve bu sıvının nedeni olabilecek hidrosalpinks denilen tubaların tıkalı olması ve sıvı ile dolu olması da gebeliğin oluşmasını engelleyebilir. Rahim içinde sıvı olmadığı durumlarda hidrosalpinksin zararlı olmadığı söylenebilir.
Embryoya ait sorunlar: Bunların başında aneuploidy denilen, embryo oluşurken, yumurta veya spermin oluşumu sırasında veya sonrasında oluşan kromozom sayı bozuklukları vardır. Bu embryolar nadiren implante olur ve çok nadiren gebelikler 8-10 haftanın ötesine geçer.
Embryoya ait sorunlar arasında kromozom sayıları dışında mitokondrial DNA da oluşan hasarlar, kromozom sayıları normal bile olsa, DNA hasarları ve bilemediğimiz başka sorunlar da gebeliği engelleyebilir.